Kornea enfeksiyonu, virüsler, bakteriler, mantarlar veya protozoalar tarafından oluşturulabilir, kornea enfeksiyonlarına keratit adı verilir. Kornea otoimmün hastalıklardan etkilenebilir, bu otoimmün hastalıkların bir kısmı yalnızca kornea ve çevre dokularını özel olarak etkilerken, bazı sistemik otoimmün hastalıklar da korneayı tutabilir, örneğin, otoimmün bir hastalık olan romatoid artrit, kuru göz sendromu yaparak kornea sağlığını tehdit edebilir.
Değişik bazı sistemik hastalıklar veya sistemik enfeksiyonlar da korneayı etkileyebilir, söz gelimi sistemik bir hastalık olan diyabet bazal membran kalınlaşması veya sinir hasarı yaparak iyileşmeyen epitel açılmalarına neden olabilir.
Kornea alerjik hastalıklardan da etkilenebilir, örneğin, bir çeşit alerjik konjonktivit olan vernal konjonktivit korneada hasar yaratabilir. Korneada yaşlanmaya ve morötesi (ultraviyole) ışın hasarına bağlı bazı dejeneratif hastalıklar da görülebilir.
Kornea gözün en dış kısmında yer aldığı için sıklıkla travmaya uğrayabilir, bu travmalar mekanik, termal, veya kimyasal olabilir, radyasyon tüm dokuları etkilediği gibi korneayı da etkileyebilir. Kornea travmaları sonrası göz küresinin bütünlüğü bozulabilir, bu acil olarak tedavi edilmesi gereken bir durumdur. Gözün asit veya alkali kimyasal maddeler ile teması sonrası yapılacak en önemli şey gözün ve çevre dokularının derhal suyla bolca yıkanması ve gerekli donanıma sahip bir tıp merkezine başvurulmasıdır, gözün bazı durumlarda litrelerce suyla yıkanması gerekebilir, göz kapakları çevrilerek arada kalmış kimyasal madde artıkları mutlaka temizlenmelidir.
Kornea distrofileri korneanın kalıtımsal hastalıklarındandır (RESİM 1). Genellikle her iki gözde de görülür, hemen her zaman aile öyküsü vardır. Kornea distrofilerinde korneanın belirli katmanlarında birikintiler olur ve buna bağlı olarak kornea bulanıklaşır.  Ön tabakaları tutan distrofileryüzeyel lazer tedavisi (fototerapötik keratektomi) ile tedavi edilebilir. Daha derin katmanları tutan distrofilerde tedavi kornea naklidir. Desme membranın durumuna göre kornea nakli tam kat (penetran keratoplasti) ya da sadece hasarlı dokunun değiştirildiği lameller keratoplasti olarak yapılır.